Tổ Phi Lai thế danh Nguyễn Văn Hiển, húy Như Hiển, hiệu Chí Thiền, sinh tháng hai năm Tân Dậu (1861) tại xã Diêm Sơn, huyện Duy Xuyên, tỉnh Quảng Nam. Ông Nội là Hộ Quốc Công Nguyễn Công Thành từng giữ chức Hậu quân, Tiền quân Tổng Trấn Bắc thành triều vua Gia Long. Thân phụ là cụ ông Nguyễn Văn Hân làm quan đến chức Bố Chánh Quảng Nam.