Vào khoảng đầu thế kỷ 20, trên bước đường tu hóa Tổ sư Chí Thiền đã trụ tích tại nơi đây để kiến lập đạo tràng hoằng truyền Phật pháp.
Tương truyền ban sơ ngài đã đi về núi Cấm và trước đó Phật thầy Tây An có báo mộng cho các đệ tử của mình biết là sẽ có một vị cao tăng sắp về đến đây, các con chuẩn bị tiếp đón.
Sau 3 ngày chờ đợi (tức vào đêm thứ 3) mà không thấy có ai xuất hiện mọi người đang bàn tán: Không lẻ thầy mình báo mộng sai! Nhưng lúc này Tổ đã có mặt ở chân núi Cấm, bỡi trãi qua lộ trình xa xôi, vất vả nên Tổ có ý định tìm chỗ để nghỉ chân.
Chợt thấy có ánh đèn le lói từ căn nhà lá, thầy trò vội đến, xin được tá túc qua đêm, khi Tổ vừa đến nơi, mọi người có mặt đều rất vui mừng vì người mà họ đang chờ đợi đã xuất hiện.
Ban đầu Tổ ở tại núi Cấm (nơi vị trí chùa Vạn Linh hiện nay) suốt trong 3 tháng, thời gian sau đó các hương chức làng Tú Tề cùng dân làng đã đến nơi để cung thỉnh Tổ về ngôi PhI Lai Cổ Tự lúc bấy giờ còn rất hoang sơ.
Bước đầu nơi chốn biên thùy xa xôi cách trỡ, mọi điều kiện đều thiếu thốn khó khăn, nhưng với tinh thần kiên trì, nhẫn nại kết hợp với phương tiện khéo léo mà Tổ đã tạo dựng được thiện cảm sâu sắc với các hương chức làng và sự qui phục của dân chúng tại địa phương mà ngài đã thành lập được các nông trại để tổ chức canh tác tạo được nguồn thu nhập đáng kể, Tổ còn cho mua bán khoai, muối để có huê lợi tích góp tạo nên kinh phí xây dựng chùa và phần nữa để giúp đỡ cho dân nghèo khi lâm cơn hoạn nạn.
Dần dần với uy đức và đạo hạnh của Tổ đã vang xa nên tứ phương tăng tục đã qui tụ về dưới chân ngài để cầu xin được tu học và do đó mà ngôi già lam trang nghiêm, tú lệ đã hình thành.
Theo các bậc tiền bối kể lại thì chùa Phi Lai khi ấy được kiến tạo trên một khu đất gần 2 mẫu. Riêng phần kiến trúc xây dựng được dàn trải trên mấy ngàn m2 đất. Các công trình vừa chính và phụ đếm được trên 20 nóc.
Tại đạo tràng nầy các thế hệ danh tăng ni đã được hình thành, cảm mến đức tổ mà số đồ chúng Tăng, Ni khi Tổ còn hiện tiền với sỉ số gần 200 vị. Phần lớn chư vị nầy đều đã thành tựu đạo nghiệp trở thành các bậc pháp khí của Phật Giáo Việt Nam, tiêu biểu như các ngài:
+ Về Chư Tăng:
-HT. Hồng Pháp, hiệu Thiện Minh
-HT. Hồng Diệu, hiệu Thiện Đạo
-HT. Hồng Nhẫn, hiệu Từ Nhơn (Đào Bá Nhẫn)
-HT. Hồng Nhơn, hiệu Từ Nhẫn
-HT. Hồng Tôi, hiệu Thiện Tường
-HT. Hồng Xứng, hiệu Thiện Quang
-HT. Hồng Mão, hiệu Thiện Tâm
-HT. Hồng Nở, hiệu Thiện Hoa, tự Hoàn Tuyên
-HT. Hồng Minh, hiệu Từ Hội (HT. Pháp Long)
-HT. Hồng Tồng – Quảng Đạt
-HT. Hồng Thông, hiệu Trí Châu
-HT. Hồng Sáng, hiệu Thiện Quang
-HT. Hồng Tòng, hiệu Thiện Tòng, tự Phổ Quảng
-HT. Hồng Chương, hiệu Trí Đức (Y chỉ)
-HT. Hồng Trung, hiệu Thiện Tín (HT. Huệ Hải)
+ Về Chư Ni:
-NS. Hồng Từ, hiệu Diệu Nga
-NS. Hồng Trung, hiệu Diệu Hậu
-NS. Hồng Thọ, hiệu Diệu Tịnh
-NS. Hồng Lầu, hiệu Diệu Tấn
-NS. Hồng Tích, hiệu Diệu Kim
-NS. Hồng Quý, hiệu Bửu Thanh
-NS. Hồng Khoái, hiệu Bửu Chí
-NS. Hồng Đắc… (theo tài liệu của HT Thích Thiện Nhơn)
(HT T. Thiên Minh (Hồng Pháp), HT T. Thiên Trung (Hồng Sự), HT T. Thiện Tường (Hồng Tôi), HT T. Thiện Quang (Hồng Xứng), HT T. Thiên Hoa (Hồng Nở), HT T. Thiên Tòng (Hồng Tòng), HT T. Thiên Tâm (Hồng Sáng), HT T. Thiên Tâm (Hồng Mão), HT T. Huệ Hải (Hồng Trung) và các vị HT T. Thiện Diệu, HT T. Thiện Tín, HT T. Thiện Ngôn, HT T. Thiện Nghĩa, v.v….
Về bên Ni các vị tiêu biểu như Diệu Kim (Hồng Tích), Pháp sư Ni đầu tiên của Ni giới Việt Nam thời kỳ chấn hung Diệu Tinh (Hồng Thọ), Diệu Tấn (Hồng Lầu), Diệu Ngọc (Hồng Nga), Hữu Trí (Hồng Khoái) và các vị Diệu Trí, Diệu Thanh, v.v…..)
Thế hệ tiếp nối cũng đã có những đóng góp to lớn cho ngôi chùa PGVN điển hình như các ngài Chí Tịnh – Thiện Chánh (Nhựt Bình), Từ Nhơn (Nhựt Sáu), Thiên Thành (Nhựt Út), cố Thiên Từ (Nhựt Tín), trụ trì Tổ đình Phi Lai v.v…..
Bên Ni cùng thời có các vị Huyền Học , Huyền Huệ (Nhựt Định), Viên Huy , Trí Hòa (Nhựt Tường), Trí Phát và các vị Trí Thuần, Trí Thông, Trí Định, Viên Như, Viên Chánh v.v….. (theo tài liệu của HT Thích Minh Thanh)
Hiện nay Hòa thượng Thiện Nhơn đương kim chủ tịch HĐTS GHPGVN cũng thuộc tông phong pháp quyến Phi Lai.
Vào năm 1945, do biến cố thời cuộc nên chùa Phí Lai bị thiêu hủy hoàn toàn trong biến cố nầy 14 nhân mạng và cố Hòa thượng Thiện Minh, trưởng tử của Tổ, đồng thời là Trụ trì chùa Phí Lai cũng đồng thời viên tịch theo chùa.
Theo lời cố Hòa thượng Thiện Thành trụ trì chùa Phi Lai thì ngọn lử thiêu hủy chánh điện Phi Lai và các công trình phụ gần 1 tuần mới hoàn toàn tắt hẳn!
Năm 1947, trước sự hoang tàn đổ nát của ngôi Tổ đình, chư tôn đức trong tông phong đứng đầu là cố Hòa thượng Thiện Tòng (chùa Trường Thạnh, Sài Gòn) và Ni trưởng Diệu Kim (chùa Bảo An, Cần Thơ) hiệp cùng môn phong, pháp quyến đã hợp sức vận động tài chánh để tái thiết ngôi tổ đinh trên nền của chánh điện cũ, nhưng quy mô kiếm trúc thì khiêm tốn hơn nhiều so với công trình mà tổ xưa đã xây dựng các phế tích còn sót lại rải rác trong khuôn viên chùa đã minh chứng cho qui mô của công trình ngày trước.
Hiện giờ, sau thời gian trên nữa thế kỷ tồn tại, chùa Phi Lai đã xuống cấp hư dột nhiều nơi. Để đáp ứng theo nguyện vọng thiết tha mong đợi của hang môn nhơn pháp quyến và bổn đạo Phật tử khắp nơi, Ban trùng tu Tổ đình đã được thành lập và Trưởng ban là hòa thượng Thiện Nhơn cùng chư tôn đức trong tông môn đồng phát tâm đại trùng tu ngôi tổ đình để báo đáp phần nào ân đức sâu dầy của liệt tổ, đồng thời góp công tôn tạo một thắng tích lịch sử của tỉnh nhà.
Nguyện cầu mười phương Tam bảo lịch đại tổ sư chứng minh gia hộ cho công tác phật sự được thành tựu viên mãn.
Minh Ân
